In der Schweiz lebten es über 20 Jahre keine Fischotter mehr. Sinkende Fischbestände, Giftstoffe in den Gewässern sowie degradierte Gewässer wurden damals als Ursachen für sein Aussterben vermutet. Die Wiederbesiedlung des Fischotters in der Schweiz begann 2009, als ein Fischotter in eine Fotofalle im Kraftwerk Reichenau am Alpenrhein im Kanton Graubünden tappte. Seither nehmen die Nachweise jährlich zu, mit einem Schwerpunkt entlang des Inns und des Alpenrheins in den Kantonen Graubünden und St.Gallen. Mittlerweile sind auch das Fürstentum Liechtenstein und Vorarlberg wieder besiedelt worden.
Am 29. September 2021 gelang der erste Nachweis eines Fischotters im Kanton St.Gallen nach seiner Ausrottung. In der Nähe von Haag konnte an einem Seitenlauf des Werdenberger Binnenkanals mittels einer Fotofalle, die für Bibernachweise gedacht war, ein Fischotter festgehalten werden. 50 Tage später, am 18. November 2021, tappte nur 15 Gewässerkilometer südlich von Haag ein weiterer Fischotter auf einem Biberdamm in eine Fotofalle, beim Mülbach in Azmoos. Nach 49 Jahren waren dies die ersten gesicherten Nachweise von Fischottern im Kanton St.Gallen. Der zuvor letzte gesicherte Nachweis aus dem Kanton St.Gallen stammte aus dem Jahr 1972 in Niederhelfenschwil. Mittlerweile werden Fischotter vom Bodensee entlang des Alpenrheins und Umgebung bis zur Kantonsgrenze nach Graubünden nachgewiesen. Ein direkter Nachweis von Jungtieren im Kanton St.Gallen fehlt jedoch bisher.
Die Rückkehr des Fischotters zeigt, dass noch genügend Fische in den Gewässern leben, damit er sich hier ernähren und weiter ausbreiten kann. Im St.Galler Rheintal befinden sich die letzten guten Bestände der bedrohten Fischart Äsche. Zudem wurden hier auch vermehrt Laich-Aktivitäten von Nasen nachgewiesen, eine vom Aussterben bedrohte Fischart. Ob und wie sich der Fischotter auf diese Fischbestände auswirkt, bleibt im Moment noch offen. Vernetzte und strukturreiche Gewässer, wie sie durch Revitalisierungen geschaffen und gefördert werden, sind für die Koexistenz von Fischottern und Fischen auf jeden Fall dienlich. Aus Sicht der Biodiversität ist die Rückkehr des Fischotters eine erfreuliche Entwicklung.