In der ehemaligen Klosteranlage lebten rund 700 Jahre Mönche, zuerst 300 Jahre Augustiner, ab 1461 bis zur Auflösung des Klosters 1848 die Kartäuser. Seit 1983 - nach umfangreichen Renovations- und Umbauarbeiten - betreibt die Stiftung Kartause Ittingen ein lebendiges Kultur- und Seminarzentrum.
Auch die vom Toggenburger Zwingli lancierte Reformation aus Zürich hinterliess seine Spuren: Ittinger Sturm 1524.
"Im Sommer 1524 kam es im thurgauisch-zürcherischen Grenzgebiet zu einem Aufstand. Der im Schloss Frauenfeld sitzende, katholische Landvogt hatte in Stein am Rhein einen reformierten Pfarrer gefangen nehmen lassen. Dieser wurde nach Frauenfeld verbracht. Schnell rotteten sich mehrere tausend Menschen zusammen, um den Priester zu befreien. Die Thur stoppte die aufgebrachte Menge und ein Weiterziehen nach Frauenfeld war nicht möglich. Nach einer im Freien verbrachten Nacht geriet die wilde Schar ausser Kontrolle, stürmte die Kartause, verpflegte sich im Weinkeller und plötzlich brannten die Gebäude. Der Schaden war immens. Die eidgenössische Tagsatzung in Baden verurteilte die drei Rädelsführer zum Tode. Das Kloster erholte sich erst nach Jahrzehnten von den Verwüstungen."
Im 19. Jahrhundert änderten sich die gesellschaftlichen Voraussetzungen für die Klöster grundlegend. Die französische Revolution hatte die alte Feudalordnung grundlegend erschüttert und die napoleonischen Kriege führten auch in der Schweiz zu einer grundsätzlichen Neuordnung des Staates. 1803 wurde der Kanton Thurgau gegründet. Das junge, liberale Staatsgebilde stellte das Kloster zuerst unter staatliche Verwaltung und löste es 1848 ebenso wie die meisten anderen Klöster auf seinem Gebiet auf. Die Klostergebäude wurden verkauft.
