1905 wurde mit der Gründung der Société des Bains et Eaux d’Henniez und der Inbetriebnahme der ersten Abfüllanlage die industrielle Produktion aufgenommen. Das Wasser wurde zunächst als Heilmittel in Apotheken verkauft. Die Gesellschaft wurde 1913 in die Aktiengesellschaft Henniez Lithinée SA umgewandelt. Die Quelle befindet sich in der gleichnamigen Ortschaft im Kanton Waadt und wird seit 1905 industriell genutzt.
Sie wurde während der römischen Besatzung Helvetiens um 200 n. Chr. entdeckt.
Unter der Leitung von Henri Pahud, der dem Familienunternehmen ab 1916 fast fünfzig Jahre lang vorstand, wurde 1928 mit den Mineralquellen Eglisau einen Kooperationsvertrag unterzeichnet und so der Vertrieb von Henniez Lithinée als erstes Schweizer Mineralwasser auf den gesamten Schweizer Markt ausgeweitet.
Während 1930 die Bäder stillgelegt wurden, erhielt Henniez Lithinée durch einen lokalen Unternehmer Konkurrenz. Dieser kaufte eine Quelle bei Henniez, gründete die Firma Henniez Santé und profitierte so durch den Bekanntheitsgrad des Namens Henniez. Dies führte zu einem über Jahrzehnte andauernden Rechtsstreit, der erst 1978 beendet wurde.
Mit dem wirtschaftlichen Aufschwung nach dem Zweiten Weltkrieg änderte sich das Konsumverhalten und damit auch der Marktauftritt von Henniez, das vom Heilmittel zum Tafelwasser mutierte.
Mit Edgar Rouge, Enkel von Henri Pahud, trat 1948 die zweite Generation in das Familienunternehmen ein. Rouge konzentrierte sich insbesondere auf die neuen Produktionstechniken, mit der die stark steigende Nachfrage bewältigt werden konnte.
1964 übernahm Rouge von seinem Onkel die Leitung des Unternehmens und baute in den folgenden Jahren die Führungsposition im Schweizer Markt weiter aus.
1972 wurde die Zusammenarbeit mit den Mineralquellen Eglisau beendet und ein eigenes Vertriebsnetz für den Deutschschweizer Markt aufgebaut.
Nachdem Henniez bereits über ein kohlensäurehaltiges und ein stilles Mineralwasser verfügte, führte es 1974 mit Henniez grün ein leicht kohlensäurehaltiges Mineralwasser ein. Damit entstand der noch heute bekannte Farbencode:
1978 übernahm Henniez Lithinée den Konkurrenten Henniez Santé, womit die seit 1930 andauernden Rechtsstreitigkeiten ein definitives Ende fanden. Damit verbunden war die Umbenennung in Sources Minérales Henniez S.A.
1991 legte die Sources Minérales Henniez auf dem Gebiet rund um die Quelle einen 250 Hektar grossen Naturpark an und pflanzte dort über die Jahre insgesamt 70'000 Bäume an. Im Jahr 2000 überliess Edgar Rouge das Familienunternehmen seinen Söhnen Nicolas und Pascal.
Im September 2007 verkaufte die Familie Rouge ihren 61,66-Prozent-Anteil an Nestlé. In der Folge übernahm Nestlé auch die restlichen, im Streubesitz befindlichen Aktien. Das Unternehmen fusionierte im Dezember 2008 mit Nestlé Waters (Suisse) SA. Mit der Übernahme gingen nebst dem Unternehmen, der Quelle und der Marke Henniez auch die 1990 eingeführte Marke Cristalp sowie die in Lizenz produzierte Marken wie die Fruchtsäfte Granini und Hohes C sowie Virgin Cola in den Besitz von Nestlé über.
In ihrem letzten Geschäftsjahr als selbständiges Unternehmen beschäftigte Henniez 270 Mitarbeiter und erwirtschaftete einen Umsatz von 152 Millionen Schweizer Franken.
Im Februar 2020 wurde bekannt, dass die PET-Flaschen, statt wie bisher zu 30 Prozent, neu zu 75 Prozent aus rezykliertem PET (rPET) hergestellt werden.